Гостро негативно поставився С . Єфремов до більшовицького перевороту , вважав його за авантюру . У більшовиках він убачав головну небезпеку для українського визвольного руху , активно виступав за створення єдиного національного фронту . С . Єфремов одним із перших розгледів соціально-політичну суть більшовизму і мав сміливість публічно говорити про це в пресі за умов більшовицької окупації України на початку 1918 р . Популістські спроби більшовиків розв ’ язати продовольчу та фінансову проблеми у Києві адміністративними методами С . Єфремов назвав безглуздими заходами « безтямних людей з величезними претензіями , із хлестаковською психікою , із одвагою безнадійних неуків ». Він не мав сумніву , « що трохи-небагато мине часу , як ці люди зруйнують усе , що тільки підлягає руйнації , і тоді одійдуть , звідки й виринули , — тобто в належну їм безвість ».
Є . Єфремов , як і УПСФ , не поділяв політичного курсу уряду В . Голубовича навесні 1918 р . Особливий протест викликала ідея усуспільнення землі . Здійснення цієї ідеї , писав Є . Єфремов , остаточно підірве сільське господарство . « Соціалізація землі — утопія , якої за наших обставин не сила здійснити , але утопія , за яку люди готові головами покладати , жертвувати і своє , і чуже життя , добро , волю , честь ». Він відверто говорив про нежиттєздатність уряду В . Голубовича , одначе державний переворот , здійснений П . Скоропадським , засудив . Належав до складу делегації українських соціалістичних партій , яка 2 — З . У . 1918 р . вела переговори із німецьким генералом В . Тренером про умови , за яких була б можливою участь представників цих партій у роботі українського уряду . Переговори не мали позитивних наслідків .
Восени 1918 р . займав непослідовну позицію щодо підготовки повстання проти гетьманської влади . Наприкінці 1918 р . відійшов від активної політичної діяльності , а 1930 р . на допиті в ДПУ відзначив : « В 1919 р . я жив у Києві , реальних посад я тоді ніяких не займав ». Проте після вступу більшовиків до Києва у лютому 1919 р . С . Єфремов був арештований і відпущений із в ’ язниці лише внаслідок заступництва Української академії наук . У лютому 1919 р . УАН обрала С . Єфремова своїм дійсним членом . Зазнав переслідувань і від денікінського режиму . « Коли запанувала у Києві доброволія , року 1919-го , і ми ... стали свою газету звати не « Новою радою », а , як і за царських часів , просто « Радою », то цю саму « Раду » добровольці закрили на восьмому числі як за гнівні статті Єфремова , так і за саркастичні Стебницького », — згадував А . Ніковський .
У червні 1920 р ., коли українські і польські війська залишали Київ , Єфремов перейшов на нелегальне становище , жив у Боярці за прізвищем Ігнатенка . На клопотання УАН совєтська влада надала йому амністію і він повернувся до легального життя .
За 20-х років всі зусилля С . Єфремова зосереджувалися на науковій діяльності . У 1922 р . він був обраний віце-президентом ВУАН , водночас був головою господарської управи . По суті все повсякденне керівництво роботою академії покладалося на нього . С . Єфремов змирився із фактом існування совєтської влади , але не міг прийняти її ідейно , не приховував свого негативного ставлення до більшовизму , який поставив людину в повну залежність від системи . У своєму щоденнику , якій вів із 1923 по 1929 рр ., він цілком однозначно схарактеризував власне ставлення до пролетарської диктатури : « Не приймаю системи , на брехні й провокації , на світовому дурелюдстві заснованої ».
Система теж не могла прийняти С . Єфремова , їй потрібні були не незалежні учені , а слухняні виконавці . Ще 1922 р . він був занесений до списку українських вчених , яких влада передбачала вислати за кордон , але згодом змінила свої плани .
49