(por exemplo as espécies endémicas Armeria berlengensis, Pulicaria microcephala e Herniaria berlengiana), espécies classificadas com o estatuto de Criticamente em Perigo ou Vulnerável pela União Internacional para a Conservação da Natureza (www.redlist.org) estão atualmente reduzidas a pequenos núcleos na ilha da Berlenga. São estes e outros valores naturais que elevam a importância deste arquipélago para além das suas fronteiras geográficas, desempenhando um papel fundamental à escala global (http://www.berlengas.eu).
Tem ainda sido feito um esforço para controlar a população de gaivotas e que se estava a tornar insustentável para o equilíbrio do ecossistema da ilha.
As espécies invasoras existentes no arquipélago das Berlengas constituem as principais ameaças ao seu frágil ecossistema, com impacto negativo sobre a sua fauna e flora originais.
Peniche - estratos inclinados
Peniche - fóssil de Amonite