Tras la caída del imperio romano, desde el siglo V la población de la región sufrió ataques por parte de los suevos, visigodos, normandos, árabes, sajones vikingas por eso buscaron refugio en el interior del país.
En el año 844 una armada de 150 barcos escandinavos atacó Galicia y devastó Brigantia, aunque la incursión fue finalmente rechazada por el rey Ramiro en una batalla en la ría del "Farum Brecantium".
Azulejos en Luarca (Asturias) que conmemoran la victoria del Rey Ramiro I sobre los vikingos,posiblemente la mayor derrota vikinga en Occidente a manos del pequeño reino astur en el año 844 donde les quemaron unas 70 naves (forradas con pieles de animales) con flechas de fuego y después en tierra a un gran número de vikingos que se retiraron sin poder saquear Asturias.
En el año 1015 se coló otra armada escandinava dirigida por el futuro rey de Noruega Olaf Haraldsson, que fue directamente a la capital brigantina y la dejó destruída.
En estos tiempos los principais socios comerciales de Galícia, Gran Bretaña y el Mediterráneo, vivían tiempos inseguros por las invasiones, En estos siglos la Torre estuvo bajo el dominio de los reyes de Asturias, León y Galicia, en manos de condes o de los obispos de Santiago de Compostela.
En el siglo XIII el rey Alfonso IX de Galicia y León decidió revitalizar la zona en el año 1208 y fundó la nueva población de Cruña. Le dio privilegios que favorecían el desarrollo económico, p. ej.el permiso de libre comercio con Inglaterra para desembarcar y vender la sal sin pagar impuestos.
La torre no fue reconstruida como faro, pero sí lo usaron de fortaleza, y lugar de frente a las posibles amenazas y ataques procedentes del mar. Además utilizaron sus piedras para las construcciones de castillos y murallas de la ciudad contra los ataques ingleses.
Entre el 5 y el 6 de mayo de 1589 el pirata inglés Francis Drake asedió la ciudad y tomó la Pescadería, pero un grupo de soldados se refugiaron en la Torre y hicieron fuertes pero sufrieron un durísimo asedio. Éste duró nueve largos días en los que se acabaron los víveres y el agua. Poco a poco el hambre y la fatiga fueron venciendo el ánimo de los soldados, pero hubo uno que aguantó hasta el final, sin más alimento que los huevos de algunas aves que anidaban en el viejo faro. La ciudad también se enfrentó con el invasor y gracias a los hechos de la heroína María Pita consigió resistir el asedio.