Le fasi finali dell'Europa League 2020 iniziano con le partite degli ottavi di finale: Inter-Getafe e Siviglia-Roma sono le uniche due sfide che si giocheranno in gara secca, mentre le altre dodici squadre disputeranno le partite di ritorno. Dai quarti di finale in poi, le sfide saranno tutte ad eliminazione diretta, come in un tabellone tennistico, con la finale in programma il 21 agosto.
Le Finals 2020, dai quarti in poi (ma anche per quanto riguarda le sfide di Inter e Roma), si giocheranno in quattro città tedesche: Stadion Köln a Colonia, MSV Arena a Duisburg, Düsseldorf Arena a Düsseldorf e Arena AufSchalke a Gelsenkirchen. Le partite si svolgeranno a porte chiuse.
Le squadre potranno effettuare cinque sostituzioni, ma al massimo in tre momenti diversi della partita. Tra questi non sono inclusi i cambi durante l'intervallo, tra la fine dei tempi regolamentari e supplementari e nell'intervallo dei supplementari. Ai tempi supplementari è concessa un'ulteriore sostituzione. Inoltre, sarà possibile scegliere tra più giocatori: per ogni partita sarà consentito utilizzarne 23 in totale anziché 18, come accadeva in precedenza solo per la finale.